如何在没有原始数据的情况下为ggplots计算有效括号的y，xmin和xmax位置？

问题描述

我正在尝试将重要性括号添加到一系列分组的ggplots中，如下图所示：

我正在寻找一种解决方案，可以使用仅包含分析结果的数据框添加重要性括号和p值，因为我无法访问原始数据。我正在做数百个这样的绘图，所以我正在寻找一种不依赖于为每个绘图的重要性括号手动指定x和y坐标的解决方案。

我尝试使用rstatix软件包中的一些函数（如下所示）来尝试计算重要性括号的y，xmin和xmax值，以便随后可以使用软件包{ {1}}将方括号和显着性水平添加到情节中，但我一直没有成功。

我怀疑这些功能的数据格式不正确，或者使用的功能不正确。我不确定是什么问题，因此不胜感激！

我已经浏览了以下网页：

• ggpubr: How to add p-values generated elsewhere to a ggplot
• How to add p-values onto a grouped ggplot using the ggpubr R package
• add_xy_position() can not be used in dodged plots

以及上述功能的R文档，但无法解决此问题。

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这是一个可复制的示例，以显示正在发生的事情：

ggpubr

以下是一些伪造的数据，它们反映了我正在使用的数据帧：

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(rstatix)

因此，现在我需要计算重要性括号的xmin和xmax值，这些值将指示每个响应选项的subpopulationGroup中的A，B和C组之间的差异在哪里。每个重要性括号也需要y坐标。

函数dataGlobal <- data.frame( subpopulationGroup = factor(c('A','A','B','C','C')),responseOption = factor(c('option 1','option 2','option 3','option 4','option 1','option 4')),mean = c(16,10,55,20,23,16,42,19,29,11,44,16),lowerCI = c(12,7,50,18,36,15,25,9,39,13),upperCI = c(20,13,60,24,21,49,34,14,48,20) ) dataDifferences <- data.frame( responseOption = factor(c('option 1',.y. = c('mean','mean','mean'),group1 = factor(c('A','A')),group2 = factor(c('B',n1 = c(431,299,799,367,431,517,314,1818,643),n2 = c(517,643,789,292,1176,437,437),group1UpperCI = c(20,24),group2UpperCI = c(29,20),statistic = c(3.864,4.132,8.973,0.002,3.041,2.738,0.134,0.907,20.890,0.412,10.861,1.577),df = c(1,1,1),p = c(0.050,0.043,0.003,0.958,0.091,0.076,0.714,0.330,0.001,0.209,0.528) ) ，add_xy_position()和add_x_position()似乎是用来计算这些值的。但是，这三个函数的第一个参数均为“ test”，并且根据文档，“ test是rstatix_test类的对象，由t_test（），wilcox_test（），sign_test（），tukey_hsd（），dunn_test（）返回）。 “

我怀疑这就是问题所在。由于我无权访问原始数据，因此无法在add_y_position中运行任何统计测试，并且不知道是否/如何将分析结果的数据框转换为“ rstatix_test类的对象”。这是问题吗？如果是这样，是否有解决方法？

由于某种原因，当我将参数“ test”指定为数据帧而不是rstatix_test对象时，rstatix将运行，但是会返回一个数据帧，其中xmin和xmax变量的值为空白。

add_x_position()

由于dataCoordinatesX <- add_x_position(test = dataDifferences,x = 'responseOption',dodge = 0.8) 没有参数“ test”，所以我认为我至少可以得到y坐标值：

get_y_position()

这是结果数据框：

但是我希望结果数据框看起来像这样：

我在公式参数中犯了一个错误吗？ （我刚刚遵循了这里的文档-“ x〜group形式的公式”。）

因此，当然，由于我没有y，xmin或xmax值，因此无法使用dataCoordinatesY <- get_y_position(data = dataGlobal,formula = mean ~ subpopulationGroup,fun = 'mean_ci',comparisons = list(c('A','B'),c('B','C'),c('A','C')) ) 之类的函数，例如ggpubr或{{1 }} / stat_pvalue_manual()。任何帮助解决此问题将不胜感激，如果您需要任何其他信息，请告诉我。谢谢！

我在geom_bracket() 1.2中使用stat_bracket() 4.0.2，R 1.0.2，dplyr 3.3.2，ggplot2 0.6.0在MacOS Catalina 10.15.6上为.5042。

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如果您感到好奇，这是我用来创建带有上方有效括号的分组条形ggplot的代码：

rstatix

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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