如何在GNU并行中插入睡眠？

编程问答 2022-06-07

问题描述

我正在尝试执行以下命令。我在df['From to'] = df['last status'] + '->' + df['status'] 中列出了100个样本。我想将每个样本用作输入并执行命令并输出到OUTPUT.csv。但是，在适当的过程中，我也想执行2秒钟的睡眠。我在这里如何使用此代码？

100_samples_list.txt

我试图在上面的代码的第一行中插入sleep 2，但是它不起作用 parallel -j3 \ "IFS=$'\n';"'for hit in \ $(esearch -db sra -query {} | efetch --format runinfo | grep SRR); do \ echo "{},${hit}"; done' \ :::: "100_samples_list.txt" \ | sort -t,-k9,9rn >> OUTPUT.csv

解决方法

我假设您要等待2秒钟才能开始新工作：

doit() {
  sample="$1"
  IFS=$'\n'
  for hit in $(esearch -db sra -query "$sample" | efetch --format runinfo | grep SRR); do
    echo "$sample,${hit}";
  done
}
export -f doit
parallel --delay 2 -j3 doit :::: "100_samples_list.txt" | sort -t,-k9,9rn >> OUTPUT.csv
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