如何在ggpubr包中使用stat_conf_ellipse函数在选定点不是全部周围添加椭圆？

问题描述

我是R的新手。我正在使用以下代码绘制带有数据置信区间的Nmds图。

我想在Nmds中的某些集群周围放置置信区间。不是全部。谁能建议我在“ stat_conf_ellipse”函数中需要做哪些代码更改，以便在选定因素周围添加省略号（在这种情况下为Phylum）？

谢谢。

Metadata <- read.csv("genome_Metadata.csv",row.names = 1)

test_mds <- Metamds(comm = test_subset,k= 3,distance = "bray",trace = FALSE,autotransform = TRUE)

test_xy <- data.frame(test_mds$points)
test_xy$Phylum <- Metadata$Phylum

ggplot(test_xy,aes(mds1,mds2,color = Phylum)) +
  geom_point(position = "jitter",alpha = 1) +
  theme_bw() + xlab("Nmds1") + ylab("Nmds2") +
  theme(legend.title = element_text(size = 14),legend.text = element_text(size = 12)) +
  scale_colour_manual(values= c("#FF69B4","#BC8F8F","#FFFF00","#ADFF2F","#FFA500","#000000","#008000","#00FFFF","#FFDEAD","#8B4513","#00008B","#FF0000","#C71585","#000000"))+
  stat_conf_ellipse(geom="polygon",alpha= 0,bary = FALSE,show.legend = FALSE,size= 0.8)

解决方法

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