有没有办法从STOCKHOLM文件中同时读取多个路线

编程问答 2022-06-07

问题描述

我试图使用skbio读取包含多个MSA（多个序列比对）的STOCKHOLM文件。

似乎只能读取文件中的第一个对齐方式。

import skbio.io
from skbio import RNA,TabularMSA

msa=TabularMSA.read(file,constructor= RNA)

我只得到一个TabularMSA对象，而不是文件中的所有TabularMSA对象。

Biopython中有这样的功能，一次可以读取多个比对。

from Bio import AlignIO
alignments=AlignIO.parse(file,'stockholm')

在skbio中是否有类似的功能或代码可以做到这一点？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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