snakemake中的命令行

问题描述

我要使用以下命令行在文件夹中创建BAM文件列表：

 ls *.bam > bam_list

但是，我想将其集成到snakemake中。这该怎么做？这是我尝试过的，但没有用：

rule bam_list:
    input:
         inlist ="dup/{sample}.bam"
    output:
         outlist = "dup/bam_list"
    shell:
         """
         ls {input.inlist} > {output.outlist}
         """

输出bam_list如下所示：

  bob.bam
  anne.bam
  john.bam

解决方法

您可以完全跳过输入：

Route::post('/coins/delete/{coin}','CoinController@destroy')->name('coins.delete');

修改

rule bam_list:
    output:
         outlist = "dup/bam_list"
    shell:
         """
         ls *.bam > {output.outlist}
         """

对于更复杂的逻辑，您可能必须使用输入函数。