R中没有Internet的BLAST

问题描述

我有一些基因序列。我试图在NCBI中进行手动爆炸，这需要很多时间（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome）。我所做的如下。

1. 在FASTA序列空间中输入序列（例如：GGAGGACGGGTCCCGTGGCGCGGC）
2. 选择数据库为SRA
3. 添加数据库（例如：SRX032224（出租车：4530；运行：SRR074130 SRR074131 SRR074132））。这是一个SRA数据库。
4. 为优化程序选择“有点相似的序列”选项
5. 最后爆炸

我想做的是使用R而没有互联网连接。我已经使用以下链接下载了SRA数据：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?view=search_seq_name&exp=SRX032222&run=&m=search&s=seq

请帮助 预先谢谢你

解决方法

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