在地理查询上使用foreach在r中进行并行处理

编程问答 2022-06-07

问题描述

for循环使用geoquery数据库包遍历具有ID的数据表列，以一次访问两个表。在每次迭代中，两个表被联接，并且该表与前一次迭代的结果表联接。简而言之，每次迭代都使用基因符号列添加一个新列。最终表应该有406列，但只有66列。为什么？我该如何解决这个问题？我正在使用foreach并行处理，我的输出看起来像这样（数据表的输出在最底部）：

[[81]]
 NULL

下面是一些代码：

count = 0
gpl_dict = dict()
nonfunc_gpl = dict()

registerDoParallel(2)

foreach(i= results$REPO) %dopar% {
  GSM = getGEO(i,getGPL=FALSE)
  genex = GSM@dataTable@table[,1:2]

  platform_char = GSM@header$platform_id
  
  if(platform_char %in% gpl_dict$keys()){
    gene_profiles = genex%>%inner_join(gpl_dict[[platform_char]],by=c("ID_REF"="ID"))
    
  } else {
    platform_obj = getGEO(platform_char,getGPL=FALSE)
    platform = platform_obj@dataTable@table
    
    if("ID" %in% colnames(platform) && str_contains(colnames(platform),"Symbol")){
      names(platform)[grepl("Symbol",names(platform))] = "Symbol"
      platform = platform[,c("ID","Symbol")]

      gpl_dict[[platform_char]] = platform ## add platform table to dict
      gene_profiles = genex%>%inner_join(platform,by=c("ID_REF"="ID"))
      
    } else {
      nonfunc_gpl[[platform_char]] = platform
      
      next
    }
  }
  
  gene_profiles = gene_profiles[,c("Symbol","VALUE")]
  gene_profiles = gene_profiles[!(gene_profiles$Symbol == "---" | gene_profiles$Symbol == ""),]
  names(gene_profiles)[names(gene_profiles) == "VALUE"] = i
  
  if (count == 0){
    final_res = gene_profiles
    
  } else {
    final_res = final_res%>%full_join(gene_profiles,by="Symbol")
    final_res = final_res%>%group_by(Symbol)%>%summarise_all("mean")
  }
  
  count = count + 1
}

stopImplicitCluster()

print(head(final_res))

输出

[[81]]
NULL

[[82]]
NULL

[[83]]
NULL

[[84]]
NULL

[[85]]
NULL

[[86]]
NULL

[[87]]
NULL

[[88]]
NULL

[[89]]
NULL

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NULL

[[91]]
NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

[[96]]
NULL

[[97]]
NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

[[103]]
NULL

[[104]]
NULL

[[105]]
NULL

[[106]]
NULL

[[107]]
NULL

[[108]]
NULL

[[109]]
NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

[[114]]
NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

[[136]]
NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

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NULL

[[404]]
NULL

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NULL

[[406]]
NULL

# A tibble: 6 x 66
  Symbol GSM1573135 GSM1573160 GSM1573175 GSM1573186 GSM1573132 GSM1573190 GSM1573121 GSM1573122 GSM1573123 GSM1573124
  <chr>       <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>      <dbl>
1 1060P…   -0.268     -0.0434    0.0429       0.256       0.216    0.354      -0.701     -0.342   -0.230       -0.0392
2 A1BG     -0.0927     0.511    -0.000813     0.250      -0.179    0.0237      0.870      0.158    0.000813     0.112 
3 A1CF      0.194     -0.00738   0.0652       0.323      -0.114    0.00947     0.279      0.0727  -0.0794      -0.197 
4 A2M       0.00145    0.0670   -0.0137       0.440       0.341   -0.0477      0.0401    -0.347    0.0592       0.120 
5 A2ML1     0.232     -0.186    -0.0181       0.0195     -0.234    0.323       0.425     -0.0478  -0.133       -0.151 
6 A3GAL…    0.00392   -0.111    -0.156        0.432      -0.219    0.586       0.657     -0.0523   0.0833      -0.0175
# … with 55 more variables: GSM1573125 <dbl>,GSM1573126 <dbl>,GSM1573127 <dbl>,GSM1573128 <dbl>,GSM1573129 <dbl>,#   GSM1573130 <dbl>,GSM1573131 <dbl>,GSM1573133 <dbl>,GSM1573134 <dbl>,GSM1573136 <dbl>,GSM1573137 <dbl>,#   GSM1573138 <dbl>,GSM1573139 <dbl>,GSM1573140 <dbl>,GSM1573141 <dbl>,GSM1573142 <dbl>,GSM1573143 <dbl>,#   GSM1573144 <dbl>,GSM1573146 <dbl>,GSM1573147 <dbl>,GSM1573148 <dbl>,GSM1573149 <dbl>,GSM1573150 <dbl>,#   GSM1573151 <dbl>,GSM1573152 <dbl>,GSM1573153 <dbl>,GSM1573154 <dbl>,GSM1573155 <dbl>,GSM1573156 <dbl>,#   GSM1573157 <dbl>,GSM1573158 <dbl>,GSM1573159 <dbl>,GSM1573161 <dbl>,GSM1573162 <dbl>,GSM1573163 <dbl>,#   GSM1573164 <dbl>,GSM1573165 <dbl>,GSM1573166 <dbl>,GSM1573167 <dbl>,GSM1573168 <dbl>,GSM1573169 <dbl>,#   GSM1573170 <dbl>,GSM1573171 <dbl>,GSM1573172 <dbl>,GSM1573173 <dbl>,GSM1573174 <dbl>,GSM1573176 <dbl>,#   GSM1573177 <dbl>,GSM1573178 <dbl>,GSM1573179 <dbl>,GSM1573180 <dbl>,GSM1573181 <dbl>,GSM1573183 <dbl>,#   GSM1573185 <dbl>,GSM1573187 <dbl>
>

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

parallel-processingparallel.foreachr

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