问题描述
想知道是否存在使用pyvips / libvips快速返回ome-tiff文件给定通道的特定像素范围的方法。 crop不允许使用频道规范。
我的OME-Tiff很大（超过10 GB），所以我不想将整个图像加载到内存中。
打开所有建议和/或其他工作流程。
解决方法
pyvips支持多页文档作为“卫生纸”图像（对不起）。您设置n=-1来加载所有页面，它们显示为非常高的薄图像，页面垂直堆叠。元数据项page-height给出每张纸的高度（以像素为单位）。
文档在这里：
https://libvips.github.io/libvips/API/current/VipsForeignSave.html#vips-tiffload
例如：
$ vipsheader -a multi-channel-z-series.ome.tif
multi-channel-z-series.ome.tif: 439x167 char,1 band,b-w,tiffload
width: 439
height: 167
bands: 1
format: char
coding: none
interpretation: b-w
xoffset: 0
yoffset: 0
xres: 0
yres: 0
filename: multi-channel-z-series.ome.tif
vips-loader: tiffload
n-pages: 15
image-description: <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><!-- Warning: this comment is an OME-XML metadata block,which contains crucial dimensional parameters and other important metadata. Please edit cautiously (if at all),and back up the original data before doing so...
resolution-unit: cm
orientation: 1
您可以看到这是一张15页的OME图像。 pyvips默认会加载页面0，每个页面为439 x 167像素。您可以在image-description中获取XML，以查看完整的OME通道元数据。
$ vipsheader -f image-description multi-channel-z-series.ome.tif
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!--- ... etc.
在Python中，您可以执行以下操作：
$ python3
Python 3.8.5 (default,Jul 28 2020,12:59:40)
[GCC 9.3.0] on linux
Type "help","copyright","credits" or "license" for more information.
>>> import pyvips
>>> x = pyvips.Image.new_from_file("multi-channel-z-series.ome.tif",n=-1)
>>> x.size
>>> x.width
439
>>> x.height
2505
>>> x.get("page-height")
167
>>> x.height / x.get("page-height")
15.0
因此，您可以使用crop以明显的方式从通道中获取一个矩形。
您是否打算为机器学习培训生成补丁？如果是这样，对于小补丁，fetch可能比crop快得多。 This issue包含示例代码和一些基准测试-在该示例中，crop花费41s制作12,000个32x32补丁，而fetch仅花费0.5s。