问题描述
我有一个fortran仿真代码，该代码只能并行运行，并且必须在至少4个内核上用mpi（make mpi=yes）进行编译。我可以运行可执行文件，将其命名为“ test”，当我调用mpirun -n 4 ./test时没有问题。
现在，我可以生成不同的输入文件，并处理python的输出。因此，我想从python执行上述命令以运行多个模拟。主要问题似乎是，无论我是否使用os.system，subprocess.call，.run，.Popen等，对于MPI来说，只有一个进程可用（当python启动一个新的子进程时，这才有意义）： / p>
例如使用os.system('mpirun -n 4 ./test') or subprocess.run(['mpirun','-n','4','./test'])时，我得到以下输出：
starting MPI-3.1 code.
using 1 nodes with total 1 processors and 1 threads.
node 0: procs= 1 threads= 1 name=my-pcname
>>>>>> General @R_406_4045@ion <<<<<<<
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Started : 22-OCT-2020 18:38:55
Name of host machine :
Current directory : /home/test
Compiled on : Linux (Intel Fortran)
Compiled : without OpenMP
Compiled : with MPI
Linked FFT package : cvecfft_acc
Compiled for : 4 MPI processors
1 OMP threads
Running on : 1 MPI processors
1 OMP threads
1 OMP processors per node
>>>> some more @R_406_4045@ion about simulation parameters...
par.f: Mismatch nproc in par.f and MPI nodes:
Compiled for : 4 MPI processors
Running on : 1 MPI processors
*** STOP *** at location (node 0 ): 3
有趣的是，我得到了4次输出，这使我更加困惑...
关于如何使它起作用的任何想法？抱歉，如果某个地方已经有人问过类似的问题，我搜索了至少一个小时并问了同事，然后才决定在此处发布此问题...
我将Intel fortran编译器ifort 19.0.5.281 20190815与OpenMPI 4.0.5一起使用
解决方法
看起来很奇怪。所有这些消息都与执行环境有关。这些是由您的代码产生的，还是您的自定义mpirun脚本的一部分？
如果我基于简单的MPI案例
program main
use mpi
integer error,id,p
call MPI_Init ( error )
call MPI_Comm_size ( MPI_COMM_WORLD,p,error )
call MPI_Comm_rank ( MPI_COMM_WORLD,error )
write (*,*) 'Hello: ','/',p
call MPI_Finalize ( error )
end
使用基于GNU的链进行编译
gnuchain/openmpi-4.0.2-gcc-9.2.0
以下方法：mpif90 -o hello hello.f90有效。
然后，如果我使用简单的Python脚本
import os
os.system('mpirun -np 4 ./hello')
它只是按预期工作：
> python ./mpi_run.py
Hello: 1 / 4
Hello: 3 / 4
Hello: 0 / 4
Hello: 2 / 4
您是否有机会将自己的Python代码本身作为MPI代码运行？