Nexflow：带文件的结构化输入

问题描述

我有一个类似于以下结构数据的数组：

- name: foobar
  sex: male
  fastqs:
  - r1: /path/to/foobar_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/foobar_R2.fastq.gz
  - r1: /path/to/more/foobar_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/more/foobar_R2.fastq.gz
- name: bazquux
  sex: female
  fastqs:
  - r1: /path/to/bazquux_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/bazquux_R2.fastq.gz

请注意，fastq成对出现，每个“样本”的对数可能是可变的。

我想在nextflow中编写一个process，一次处理一个样本。

为使nextflow执行程序正确封送文件，必须以某种方式将它们键入为path（或file）。这样键入后，执行程序会将文件复制到计算节点进行处理。只需将文件路径键入为var即可将路径视为字符串，并且不会复制任何文件。

从docs输入的path的一个简单例子：

process foo {
  input:
    path x from '/some/data/file.txt'
  """
    your_command --in $x
  """
}

我应该如何声明process输入，以便文件正确地编组到计算节点？到目前为止，我还没有在文档中找到任何有关如何处理结构化输入的示例。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）