Jupyter笔记本-rpy2-找不到R库

问题描述

我目前正在尝试在同一Jupyter Notebook中同时使用R和Python。我已经成功安装了rpy2;如果我尝试在R中写一些东西（开始时放在%%R上），那么一切正常，但是一旦我尝试使用库，就会出现以下错误：

R [写到控制台]：库（包名称）错误：没有包 称为-包名称-

如果我尝试在R Studio中使用相同的库（而不是在Jupyter中使用），则一切正常。

这是给我麻烦的代码：

import os
os.environ['R_HOME'] = r'C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0'
os.environ['path'] += r';C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0\bin;'
%load_ext rpy2.ipython

%%R
library(readr)

最后一行之后，出现以下错误：

R [写入控制台]：库（读取器）出错：没有名为“读取器”的软件包

库（读取器）中的错误：没有名为“读取器”的软件包 -------------------------------------------------- ------------------------- RRuntimeError Traceback（最近一次调用 持续） 〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ ipython \ rmagic.py 在eval中（自己，代码） 267＃需要换行符，以防代码中的最后一行是注释。 -> 268个值，可见= ro.r（“ withVisible（{％s \ n}）”％代码） 269除了（ri.embedded.RRuntimeError，ValueError）作为例外：

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects_ init _。py 在通话中（自己，字符串） 第415章（小幸运） -> 416分辨率= self.eval（p） 417返回conversion.rpy2py（res）

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py 在通话中（自己，* args，** kwargs） 196 kwargs [r_k] = v -> 197 return（super（SignatureTranslatedFunction，self） 198。通话（* args，** kwargs））

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py 在通话中（自己，* args，** kwargs） 124 new_kwargs [k] = conversion.py2rpy（v） -> 125 res =超级（Function，self）。调用（* new_args，** new_kwargs） 126分辨率= conversion.rpy2py（res）

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ rinterface_lib \ conversion.py 在_（* args，** kwargs）中 43 def _（* args，** kwargs）： -> 44个cdata = function（* args，** kwargs） 45＃TODO：测试cdata具有预期的CType

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ rinterface.py在 致电（自己，* args，** kwargs） 623，如果error_occured [0]： -> 624提高嵌入式.RRuntimeError（_rinterface._geterrmessage（）） 625返回res

RRuntimeError：库（读取器）错误：没有调用的包 “阅读器”

在处理上述异常期间，发生了另一个异常：

RInterpreterError追溯（最近的呼叫 持续） 〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ ipython \ rmagic.py 在R中（self，line，cell，local_ns） 762其他： -> 763 text_result，结果，可见= self.eval（代码） 764 text_output + = text_result

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ ipython \ rmagic.py 在eval中（自己，代码） 271警告 -> 272引发RInterpreterError（code，str（exception）， 273 warning_or_other_msg）

RInterpreterError：无法解析和评估行 “库（阅读器）\ n”。 R错误消息：“库（读取器）中存在错误：存在 没有名为“阅读器”的程序包“

在处理上述异常期间，发生了另一个异常：

PermissionError跟踪（最近的呼叫） 最后） ----> 1个get_ipython（）。run_cell_magic（'R'，''，'library（readr）\ n'）

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ IPython \ core \ interactiveshell.py 在run_cell_magic中（self，magic_name，line，cell）2379
与self.builtin_trap：2380 args =（magic_arg_s， 细胞） -> 2381结果= fn（* args，** kwargs）2382返回结果2383

R中的（自身，行，单元格，local_ns）

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ IPython \ core \ magic.py 在（f，* a，** k）中 185＃但对于那种状态来说，这是过分的。 186 def magic_deco（arg）： -> 187通话= lambda f，* a，** k：f（* a，** k） 188 189，如果可调用（arg）：

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ ipython \ rmagic.py 在R中（self，line，cell，local_ns） 782打印（e.err） 第783章 -> 784 rmtree（tmpd） 785返回 终于786：

rmtree中的

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ shutil.py（路径， ignore_errors，onerror） 735＃即使onerror挂接返回也无法继续 736返回 -> 737 return _rmtree_unsafe（路径，错误） 738 739＃允许自省是否对符号链接进行强化

_rmtree_unsafe中的

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ shutil.py（路径， 错误） 613 os.unlink（全名） 614除了OSError： -> 615 onerror（os.unlink，全名，sys.exc_info（）） 616尝试： 617 os.rmdir（path）

_rmtree_unsafe中的

〜\ anaconda3 \ envs \ Cattolica2020 \ lib \ shutil.py（路径， 错误） 第611章 612尝试： -> 613 os.unlink（全名） 614除了OSError： 615 onerror（os.unlink，fullname，sys.exc_info（））

PermissionError：[WinError 32]不可能的附件文件。 Il文件 utilizzato da un altro processo： 'C：\ Users \ User \ AppData \ Local \ Temp \ tmp82eo8sb4 \ Rplots001.png'

我还尝试验证Jupyter和R的库目录是否相同，并且获得相同的两个目录：

[1]“ C：/用户/用户/文档/R/win-library/4.0” [2]“ C：/ Program Files / R / R-4.0.0 / library

我目前正在使用R 4.0.0和Python 3.8.3

解决方法

RRuntimeError异常通常只是将R在执行过程中自行生成的异常转发给Python。

该错误消息表明R找不到库。如果您真的确定RStudio和Jupyter都使用相同的R安装，则两者之间的区别将来自RStudio，该命令被指示在比从Jupyter开始的R更多的目录中查找已安装的R软件包。

在RStudio中运行以下命令，以了解从何处加载readr：

library(dplyr)
as_data_frame(installed.packages()) %>%
  filter(Package == "readr") %>%
  select(Package,LibPath)