问题描述
我有一个包含两列的表:一列包含 <div class="table-responsive">
<table class="table">
...
</table>
</div>
,另一列包含disease names
。我想创建一个只有Genes
的图形,如果两个节点有共同的基因会影响它们,则将它们连接起来。
我如何在Cytoscape中做到这一点?
解决方法
Cytoscape中没有按钮(或导入功能)会自动执行此转换。您需要在网络导入之前执行此转换,以构建所需的网络模型。或者,您可以按照以下算法在Cytoscape中执行多个步骤:
- 导入疾病基因网络
- 识别与给定基因节点相邻的疾病节点集(例如,选择每个基因,然后选择第一个邻居;或使用过滤器)
- 将每个集中的节点连接成一个小集团(全部连接到所有节点)(例如,右键单击选定的集中,然后单击“添加”>“连接选定节点的边”)
- 删除基因节点(因此删除所有疾病-基因连接)(例如,选择所有节点;或使用过滤器)
如果您喜欢R或Python,则可以在通过脚本进行转换的同时利用RCy3或py4cytoscape软件包与Cytoscape进行交互。