如何使plot.cophylo忽略缺失值NA？

问题描述

我想绘制一个cophylo对象，但是其中一个分支的值缺失，因此由于这个原因，cophylo无法正确绘制。

如何更改值或绘制没有分支长度的树？

解决方法

我无法重现该示例，并且cophylo()函数似乎可以很好地处理丢失的数据。

    library(phytools)
    #> Loading required package: ape
    #> Loading required package: maps
    set.seed(12345)
    tr1<-pbtree(n=22,tip.label=c(1:22))
    tr2<-pbtree(n=10,tip.label=c(1:10))
    obj<-cophylo(tr1,tr2)
    #> Rotating nodes to optimize matching...
    #> Done.
    plot(obj)

修改

问题在于缺少分支长度。首先，这对我来说似乎很可疑，因为缺少分支长度似乎没有道理。但是，该问题现在可以重现。也许您的NA值实际上是0？

    # Now with missing value --> Indeed it doesn't plot
    tr1$edge.length[2] <- NA
    obj<-cophylo(tr1,tr2)
    #> Rotating nodes to optimize matching...
    #> Done.
    plot(obj)

    # Replace NA value with 0? (I am not sure if this makes sense)
    tr1$edge.length[2] <- 0
    obj<-cophylo(tr1,tr2)
    #> Rotating nodes to optimize matching...
    #> Done.
    plot(obj)

编辑2

问题在于读取Newick文件。特别是，OP在不允许的名称中使用了字符（例如'：'）。

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-10-26创建}