整合pyenv virtualenv conda和ASE的最佳实践

问题描述

我正在使用带有Linux的桌面（特别是Pop_OS！20.04，类似于ubuntu）。

我需要运行ASE，这是用于原子模拟的python软件包。可以通过几种方式（apt，pip，conda）进行安装。为了我的目的，我需要使用conda安装它（与社区尽可能保持一致）。由于我不喜欢将conda集成到bash中，因此我决定将pyenv用作虚拟环境管理器。

因此，在另一个stackoverflow问题上回答1，最好不要通过pyenv安装conda。因此，我以简单的想法首先尝试了这种情况（案例A）：

我用pyenv创建虚拟环境；
我使用正确的script和pyenv安装了conda
在环境中并使用conda安装ASE

$ pyenv virtualenv 3.9.0 caseA
(caseA) $ which python  
/home/fex/.pyenv/shims/python
(caseA) $ python -V
Python 3.9.0
(caseA) $ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
# I did not include anaconda in the bashrc
# To activate conda eval "$(/home/user/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_SHELL_NAME hook)" or "source <path to conda>/bin/activate"
# conda init
(baseA) $ source /home/fex/anaconda3/bin/activate
(base) (caseA) $

这种双重环境非常有趣，我认为这不应该发生。但是我无法使用conda安装ASE。所以我给了conda init：

(base)(caseA) $ conda init
(base)(caseA) $ source ~/.bashrc
(base) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase
(base) $ ase test
...
fio/oi.py: TypeError: Object does not appear to be a file-like object
========== Summary ==========
Number of tests   363
Passes:           260
Failures:           0
Errors:             1
Skipped:          102
=============================
Test suite failed!
Time elapsed: 42.3 s

据我所知，这种方法有效，但是绕过pyenv，最终我只使用了conda环境，而这并不是我最初想要的。

案例B：这不是至关重要的。创建环境后，我尝试使用pyenv安装conda，但无法在pyenv环境中使用它。

案例C：我可以通过以下方式解决问题：

使用pyenv安装了conda
创建一个依赖conda而非python特定版本的pyenv虚拟环境

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv

这对我有用，但是我正在使用conda中包含的python。这不是问题，但是由于我没有完全掌握这里的全部技术知识，所以我想分享我的疑问。

我在这里写的另一个原因是，ASE是DFT（密度泛函理论）领域中非常流行的标准，而DFT迄今为止是化学/物理领域中的most cited topic之一。然而，手册和指南的编写跟不上python的快速发展。

其他信息

$ pyenv versions
  system
  2.7.18
* 3.9.0 (set by PYENV_VERSION environment variable)
  3.9.0/envs/caseA
  3.9.0/envs/caseB
  3.9.0/envs/coppie
  3.9.0/envs/foo
  caseA
  caseB
  ccase
  coppie
  foo
  miniconda3-latest
  miniconda3-latest/envs/ccase # I created this with pyenv virtualenv miniconda3-latest ccase ccase stands for case C
$ pyenv -v
pyenv 1.2.21
$ which python
/home/fex/.pyenv/shims/python
$ python -V
Python 3.9.0
 pyenv activate ccase
pyenv-virtualenv: prompt changing will be removed from future release. configure `export PYENV_VIRTUALENV_DISABLE_PROMPT=1' to simulate the behavior.
(ccase) $ pip install pytest
(ccase) $ ase test
[...]
====================================================================== 1290 passed,233 skipped,1 xfailed,5 warnings in 193.06s (0:03:13)

解决方法

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