在需要命令行参数的SLURM上运行命令

问题描述

我对使用HPC和SLURM完全陌生，因此我非常感谢这里的一些指导。

我需要迭代运行如下所示的命令

kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
               -o "output-SRR3225412"                 \
                         "SRR3225412_1.fastq.gz"       \
                         "SRR3225412_2.fastq.gz"

SRR3225412部分在每次交互中都会有所不同

问题是，正如我发现的那样，我不能只是将此附加到sbatch命令的末尾

sbatch --nodes=1          \
       --ntasks-per-node=1 \
       --cpus-per-task=1    \
         kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
                        -o "output-SRR3225412"                 \
                                  "SRR3225412_1.fastq.gz"       \
                                  "SRR3225412_2.fastq.gz"

此命令无效。我得到了错误

sbatch: error: This does not look like a batch script.  The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter.
sbatch: error: For instance: #!/bin/sh

我想问一下，如何运行sbatch命令，指定其运行参数，并为我要使用的kallisto程序添加命令行参数？最后，我想拥有类似的东西

#!/bin/bash

for sample in ...
do
    sbatch --nodes=1          \
           --ntasks-per-node=1 \
           --cpus-per-task=1    \
             kallistoCommandOnSample --arg1 a1 \
                                     --arg2 a2 arg3 a3
done

解决方法

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bash hpc slurm