问题描述
我正在尝试使用NanoStringDiff
软件包进行差异基因表达分析
但是,当我尝试使用函数NanoStringData = createNanoStringSetFromCsv(path,header = TRUE,designs)
构造数据集时,我不断收到错误消息:
rowSums(counts)中的错误:“ x”必须是数字”
这里是我的数据表中的一部分:
Code.Class Name Accession Neg1 Neg2 Neg3 Neg4 Neg5 Neg6 Neg7 Neg8 Neg9 Neg10
1 Positive POS_A(128) ERCC_00117.1 45453 40894 34717 41316 70468 55628 59547 62007 46769 53269
2 Positive POS_B(32) ERCC_00112.1 14424 12902 11005 13898 22849 18664 20197 20309 15565 17069
3 Positive POS_C(8) ERCC_00002.1 3967 3666 3156 3887 6246 4990 5305 5460 4207 4723
4 Positive POS_D(2) ERCC_00092.1 935 880 714 866 1501 1212 1222 1269 970 1140
5 Positive POS_E(0.5) ERCC_00035.1 157 120 141 150 246 193 193 185 135 178
6 Positive POS_F(0.125) ERCC_00034.1 67 59 43 53 117 86 95 84 78 83
directory <- "C:/Users/san_c/OneDrive/Área de Trabalho/Nanostring/Analise1_GCBHIV_GCBNEG"
path <- paste(directory,"datasetGCB.csv",sep="/")
NanoStringData = createNanoStringSetFromCsv(path,designs)
Error in rowSums(counts) : 'x' must be numeric
还有其他人收到此消息吗?
解决方法
期望您的前三个列标题为 'Code.Class'
、'Name'
和 'Accession'
。确保您的数据保存为 .csv