Python中的resolve_ivp函数的R等效项是什么？

编程问答 2022-06-05

问题描述

我正在将一些代码从Python转换为R，并且发现很难在每个代码中找到相应的函数。在这种情况下，我遇到的代码是：

x_sol_best = solve_ivp(
                    fun=model_covid,y0=x_0_cases,t_span=[t_predictions[0],t_predictions[-1]],t_eval=t_predictions,args=tuple(optimal_params),).y

从scipy.integrate.solve_ivp documentation中，我看到此函数中使用的默认集成方法为：'RK45'（默认）：阶显式Runge-Kutta方法5（4）

R中的哪些包/功能与此等效？

从R中ode函数的R documentation中，我看到有许多可用的RK 4（5）方法（如下所示）-但Python文档指出RK45是5（4）...

任何人都可以提供澄清吗？ TIA 

"rk45ck"    |   Runge-Kutta Cash-Karp,order 4(5)
"rk45f" |   Runge-Kutta-Fehlberg,order 4(5); Octave: ode45,pair=1
"rk45e" |   Runge-Kutta-England,order 4(5)
"rk45dp6"   |   Dormand-Prince,order 4(5),local order 6
"rk45dp7","ode45"  |   Dormand-Prince 4(5),local order 7

解决方法

根据文档，solve_ivp()中的默认求解器为Dormand-Prince。这在ode45包的ode()函数中称为deSolve。

x_sol_best = deSolve::ode(
                    y = x_0_cases,times = t_predictions,func = model_covid,parms = c(...),# vector of parameter values
                    method = "ode45"
                )[,-1] # drop the t column
odepythonrrrunge-kuttascipyscipy