问题描述
我有10个样本，可以得到配对的末端读数：
file1_R1.fq (mate 1)
file1_R2.fq (mate 2)
...
file10_R1.fq
file10_R2.fq
还有Trinity.fasta文件。我想从我的读取文件中提取映射到Trinity.fasta的配对读取（如果未映射伴侣，我不想提取另一个。
我首先打了一个领结（显示file1的读取量为33983651 * 2），并得到10个bam文件。然后我在10个bam文件中的每个文件上运行此命令（第一个从bam文件中提取主要对齐方式）
samtools view -b -F 256 input.bam | samtools sort -n - | samtools fastq -1 R1.fastq.gz -2 R2.fastq.gz -
但是首先，当我计算文件3的读取次数时（例如），R1的读取次数为35354937，R2的读取次数为35328712（不是相同的数字吗？）
第二，我希望仅获得一致对齐的读码，精确匹配1或> 1次（参见图片！）。
因此，根据我的原始领结，我预计将仅获得22.44％+ 62.31％= 84.75％的读取数据（每个R1和R2文件中的读取量约为3000万）。 enter image description here 有人对哪里出了问题以及如何纠正我的代码有任何线索吗？
谢谢！
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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