对R中的p值进行bin /分类

问题描述

如何在R中创建一个函数，该函数可以如下转换我的p值？

 If p>0.05 -> ns
 If p<0.05 -> 1
 If p<10-2 -> 2
 If p<10-3 -> 3
 If p<10-4 -> 4
 etc...

解决方法

我们可以使用case_when进行自定义类别

library(dplyr)
f1 <- function(pval) {
       case_when(pval > 0.5 ~ 'ns',pval < 1e-4 ~ '4',pval < 1e-3 ~ '3',pval < 1e-2 ~ '2',pval < 0.05 ~ '1'
                
                
                 )
      }


f1(c(0.04,1.2,0.00005))
#[1] "1"  "ns" "4"            

,

如果您只想降低到10e-4，则@akrun答案很好。一路追随功率的更一般的解决方案可能如下所示：

# from here: https://stackoverflow.com/questions/6461209/how-to-round-up-to-the-nearest-10-or-100-or-x
roundUp <- function(x) 10^ceiling(log10(x))

categorize_p = function(ps) {
  logged = -log10(roundUp(ps))
  logged[ps > .05] = "ns"
  return(logged)
}

categorize_p(c(.1,.049,.001,.01))
#[1] "ns" "1"  "3"  "2"