从重要性矩阵或手工紧凑显示字母

问题描述

我正在R中运行多个成对比较。我正在使用Surviviner生存包。我正在使用的功能： pairwise_survdiff {survminer}

它提供了按预期进行的成对比较，但是似乎没有办法给出结果的紧凑字母显示（CLD）。我正在寻找19个级别的对。我最终打印了结果，将它们手工放入excel中，然后手工处理。但是现在我需要再次做，并希望有一种更简单的方法。

我可以直接从pairwise_survdiff {survminer}结果中进行CLD吗？

露出来

是否有一种方法可以将结果打印到电子表格可以读取的表中？
如果我手工制作逻辑矩阵，我如何让R将其转换为CLD？

然后4）如果我手动完成所有操作，我想知道是否有更紧凑的方法来显示此比较列表。由于冗余，我可以消除其中的任何字母吗？ hand made CLD for comparisons

谢谢

解决方法

这是survminer

中的示例

library(survminer)
library(multcomp)
library(tidyr)
data(myeloma)

res <- pairwise_survdiff(Surv(time,event) ~ molecular_group,data = myeloma)

从glht.summary包中查看multcomp方法的内部，我们创建了lvl_order向量，该向量标识x的级别从最小到最大的顺序。

x <- myeloma$molecular_group
levs <- levels(x)
y <- Surv(myeloma$time,myeloma$event)
lvl_order <- levels(x)[order(tapply(as.numeric(y)[1:length(x)],x,mean))]

然后，我们可以将res对象中的p值重新排列为矩阵。 mycomps是配对比较的两侧的矩阵。 signif向量在逻辑上指示差异是否显着。

comps <- as_tibble(res$p.value,rownames="row") %>% 
  pivot_longer(-row,names_to="col",values_to="p") %>% 
  na.omit()
mycomps <- as.matrix(comps[,1:2])
signif <- comps$p < .05

然后，您可以使用insert_absorb内部函数来创建字母：

multcomp:::insert_absorb(signif,decreasing=FALSE,comps=mycomps,lvl_order=lvl_order)
# $Letters
# MAF    Proliferation       Cyclin D-2            MMSET     Hyperdiploid 
# "ab"              "a"              "b"             "ab"              "b" 
# Low bone disease       Cyclin D-1 
# "ab"             "ab" 
# 
# $monospacedLetters
# MAF    Proliferation       Cyclin D-2            MMSET     Hyperdiploid 
# "ab"             "a "             " b"             "ab"             " b" 
# Low bone disease       Cyclin D-1 
# "ab"             "ab" 
# 
# $LetterMatrix
# a     b
# MAF               TRUE  TRUE
# Proliferation     TRUE FALSE
# Cyclin D-2       FALSE  TRUE
# MMSET             TRUE  TRUE
# Hyperdiploid     FALSE  TRUE
# Low bone disease  TRUE  TRUE
# Cyclin D-1        TRUE  TRUE
# 
# $aLetters
# [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s" "t" "u" "v"
# [23] "w" "x" "y" "z" "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q" "R"
# [45] "S" "T" "U" "V" "W" "X" "Y" "Z"
# 
# $aseparator
# [1] "."
# 
# attr(,"class")
# [1] "multcompLetters"

pairwise r r survminer