如何在ggplot2条形图中显示Tukey事后测试的显着比较？

问题描述

我有一个包含几个变量的数据集，如下所示：

    Competitor Disturbance  Group     MT       CVt
1           M           P       A   17.416667  63.39274
2           M           P       A   11.055556  91.32450
3           M           C       N   13.928571  78.11438
4           B           C       N   13.500000  61.20542
5           B           T       E   12.700000  48.11819
6           B           T       E   27.250000  63.44356

我制作了一个GLMM（mMT1），它具有3个预测变量（竞争者，干扰和群体），1个响应（MT）和1个随机因子（物种，示例数据集中未显示）。

在拟合和检查模型之后，我用包emmeans计算了ls均值：

ls_MT <- emmeans(mMT1,pairwise~Disturbance*Competitor*Group,type="response")

并进行了事后测试：

post_MT  <- emmeans(mMT1,transform="response",component="cond",list(~Disturbance|Competitor|Group,~Competitor|Group|Disturbance,~Group|Disturbance|Competitor))
pairs(post_MT)

最后，我根据ls的均值和se制作了带有ggplot2的条形图。

ggplot(ls_MT,aes(x=Disturbance,fill=Competitor,y=response))+
  geom_bar(stat="identity",position=position_dodge())+
  facet_grid(cols=vars(Group))+labs(y = "log10(MT)")+
  scale_color_manual(values=c("#2ca02c","#d62728"))+
  geom_errorbar(aes(ymin=ls_MT$lower,ymax=ls_MT$upper),width=.2,position=position_dodge(.9))+
  theme_light()

产生如下图：

目前，我正在努力解决两件事：

1. 有没有一种方法可以使条形图并排显示，而不必按组进行分面？看起来还可以，但我希望它们是一个单一的地块，而不是三个并排

2. 如何在图表上注释事后测试的比较结果？我已经看到，有几个函数可以执行单独的测试（例如stat_compare_means）并绘制这些结果，但是我找不到Tukey事后测试的解决方案。另一个解决方案可能是添加

     geom_signif(map_signif_level = c(" * * * "=0.001," * * "=0.01,"*"=0.05),comparisons = list(c("P","C"),c("P","T"),c("C","T"))
   

但是将每个干扰（P，T，C）的B和M（竞争对手）值合并在一起。在这种情况下，我实际上想比较P，T和C中的B和M。甚至更好的是，如何指定要显示事后结果的小节？例如，我想将A-T-B与E-T-B等进行比较。

我希望我足够清楚，并且我将非常感谢任何可以提供帮助的人！ ：））

解决方法

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