问题描述
我想使用Stacks process_radtags开始分离合并的DNA样本，以便对Cassin's Sparrow进行亲子鉴定。我是通过哈佛大学使用SLURM的在线集群Cannon进行此操作的。我想在一个互动会议上做这些工作。这是SLURM运行交互式会话的示例：
srun --pty -p test -t 10 --mem 1000 /bin/bash
就process_radtags而言，我已经找到了如何运行该程序的特定示例（我的两种消化酶是SphI-HF和EcoRI-HF）：
process_radtags -P -p ./raw -b ./barcodes/barcodes_lane4 -o ./samples/ \
-c -q -r --inline_index --renz_1 nlaIII --renz_2 mluCI
来自该网站：https://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/comp/process_radtags.php#hiseq
这是我当前尝试使用的原始数据的样子。我想从mydata的子集开始。也许现在只关注配对的索引文件之一，然后使用process_radtags将它们分开，然后使用Trimmomatic或Stacks进行质量过滤。
1_S1_L002_R1_001.fastq.gz 3_S3_L002_R1_001.fastq.gz 5_S5_L002_R1_001.fastq.gz 7_S7_L002_R1_001.fastq.gz
1_S1_L002_R2_001.fastq.gz 3_S3_L002_R2_001.fastq.gz 5_S5_L002_R2_001.fastq.gz 7_S7_L002_R2_001.fastq.gz
2_S2_L002_R1_001.fastq.gz 4_S4_L002_R1_001.fastq.gz 6_S6_L002_R1_001.fastq.gz 8_S8_L002_R1_001.fastq.gz
2_S2_L002_R2_001.fastq.gz 4_S4_L002_R2_001.fastq.gz 6_S6_L002_R2_001.fastq.gz 8_S8_L002_R2_001.fastq.gz
我是生物信息学和通用计算机科学的新手，对从所有这一切入手感到迷茫。任何帮助将不胜感激！
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。
小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）