问题描述
我同时在我的Ubuntu 16.04版本gatk-4.1.9.0版本上使用snakemake和命令行运行GATK HAPLOTYPECALLER：
工具/ gatk / gatk --java-options“ -Xmx16g -XX：ParallelGCThreads = 10” HaplotypeCaller -R ref.fasta -I recal.bam -O outfile.vcf --min-base-quality-score 20 --minimum-mapping-quality 20 -pairHMM AVX_LOGLESS_CACHING_OMP
这继续给我以下错误，并且我几天都找不到解决方案了...有什么办法解决这个问题吗？
发生用户错误：机器不支持OpenMP AVX PairHMM。
*********************************************** ************************ org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException $ HardwareFeatureException： 机器不支持OpenMP AVX PairHMM。 在org.broadinstitute.hellbender.utils.pairhmm.VectorLoglesspairHMM。（VectorLoglesspairHMM.java:77） 在org.broadinstitute.hellbender.utils.pairhmm.PairHMM $ Implementation.lambda $ static $ 4（PairHMM.java:63）中 在org.broadinstitute.hellbender.utils.pairhmm.PairHMM $ Implementation.makeNewHMM（PairHMM.java:119） 在org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.PairHMMLikelihoodCalculationEngine。（PairHMMLikelihoodCalculationEngine.java:152） 在org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.AssemblyBasedCallerUtils.createLikelihoodCalculationEngine（AssemblyBasedCallerUtils.java:204）中 在org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCallerEngine.initialize（HaplotypeCallerEngine.java:243）处 在org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCallerEngine。（HaplotypeCallerEngine.java:186） 在org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCaller.onTraversalStart（HaplotypeCaller.java:259） 在org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool.doWork（GATKTool.java:1055） 在org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.runTool（CommandLineProgram.java:140） 在org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMainPostParseArgs（CommandLineProgram.java:192） 在org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain（CommandLineProgram.java:211） 在org.broadinstitute.hellbender.Main.runcommandLineProgram（Main.java:160） 在org.broadinstitute.hellbender.Main.mainEntry（Main.java:203） 在org.broadinstitute.hellbender.Main.main（Main.java:289）
编辑：在具有UBUNTU v.18.04的其他两台PC上都可以正常工作，这与ubuntu版本相关吗？ 编辑：我没有root权限，因此无法在该PC上安装任何东西。但是我可以使用conda进行安装。
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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