在复杂的层次模型中检查收敛性

问题描述

我估计了一个具有许多随机效应的复杂层次模型，但实际上并不知道检查收敛性的最佳方法是什么。我有来自数百个个体的复杂纵向数据，并为每个个体估计了很多参数。因此，我有办法对许多跟踪图进行视觉检查。还是我真的应该花一天时间浏览所有示踪图？什么是检查收敛的更好方法？我是否必须针对人员级别的每个参数计算Gelman和Rubin's Rhat？我何时可以得出结论该模型已经收敛？当绝对所有的参数达到收敛时？期望这一点甚至明智吗？还是有“整体趋同”之类的东西？当某些人员级别的参数未收敛时，这意味着什么？将lombok.anyconstructor.addconstructorproperties=true 包中的autorun.jags与这样的模型一起使用是否有意义，或者它将永远运行？我知道，这些问题很多，但我只是不知道该如何解决。

解决方法

我用于收敛的度量是使用R软件包coda中的gelman.diag函数的潜在比例缩减因子（psrf）*。

但是，尽管我也有数十个/数百个示踪图，但我仍在视觉上快速检查所有示踪图。如果将它们放在PNG文件中，然后使用例如IrfanView（让我知道是否需要我对此进行扩展）。

Marc Kery（贝叶斯经典著作的作者）的一个例子很好地描述了您应该检查示踪图的原因：请参阅"Never blindly trust Rhat for convergence in a Bayesian analysis"，在这里，我附上了这封电子邮件的自我说明图片：

这与我使用psrf时的Rhat统计信息有关，但是psrf也很可能也遭受这种情况的困扰，因此最好检查一下链。

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*）Gelman，A.＆Rubin，D. B.使用多个序列进行迭代仿真得出的推论。统计科学7，457–472（1992）。