生命线上的Cox PH显示收敛问题

问题描述

我正在使用lifelines软件包在Python上运行Cox PH模型。

我感到奇怪的是，如果我对整个数据运行模型，则运行它没有问题，但是当我执行交叉验证（使用程序包自己的验证功能）时，会出现收敛错误。

有什么办法可以解决这个问题吗？ documentation建议使用惩罚器，但我还没有找到让我运行的东西的值。

如果您想知道，这是我的代码：

# Gone right
cph = CoxPHFitter()
cph.fit(daten,"length_of_arrears2",event_col='cured2')

# Gone wrong
cph = CoxPHFitter(penalizer=10)
scores = k_fold_cross_validation(cph,daten,'length_of_arrears2',event_col='cured2',k=5)

这是它输出的错误：

ConvergenceError: Convergence halted due to matrix inversion problems. Suspicion is high collinearity. Please see the following tips in the lifelines documentation: https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/Examples.html#problems-with-convergence-in-the-cox-proportional-hazard-modelMatrix is singular.

我检查了相关表，并且某些变量之间具有相当的相关性，但是对我来说有点奇怪，它可以在全部内容上使用，但不能在交叉值上使用。

有没有一种很好的方法来消除高相关性而又不完全删除变量？

编辑：

我对此做了一些测试。首先，我删除了所有相关系数超过0.74的变量，这些变量在KFold方法上无效。

然后，我手动将数据拆分为90/10，它可以工作，所以我一直尝试到70/30，因为60/40尚不可用。 有想法吗？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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