问题描述
我对R还是很陌生，请尝试使用spatstat软件包分析单分子显微镜数据。
要找到观察到的点簇的平均/主要大小，我将数据转换为“ ppp”并运行对相关函数（pcf.ppp）。我了解到，主要的簇大小是对此函数进行高斯拟合的总和。
但是，我不知道如何拟合高斯函数并提取sigma。任何帮助深表感谢！
到目前为止，这是我的代码：
MyPattern <- ppp(Loc[,1],Loc[,2],c(10000,25000),25000))
plot(MyPattern)
Test <- pcf.ppp(MyPattern)
plot(Test)
解决方法
kppm包中的函数spatstat完成了此任务。只需输入
kppm(MyPattern)
并读取集群规模参数sigma。 （通常称为“托马斯模型”）。要自动执行此操作，您可以
fit <- kppm(MyPattern)
parameters(fit)
有关更多信息，请参见the spatstat book
中的第12章