Snakemake无法识别由于超时而导致的作业失败，错误代码为-11

问题描述

有人在识别超时工作时遇到问题吗？我使用qsub将作业提交到群集，并按规则设置了超时：

snakemake --jobs 29 -k -p --latency-wait 60 --use-envmodules \
--cluster "qsub -l walltime={resources.walltime},nodes=1:ppn={threads},mem={resources.mem_mb}mb"

如果作业在脚本内失败，则将执行下一行。但是，当作业达到规则中定义的超时时，将不执行下一个作业，从而减少了群集上随时间并行运行的作业总数。根据MOAB调度程序（PBS服务器），超时的作业引发-11退出状态。据我了解，任何non-zero exit状态都表示失败-还是仅适用于正整数？！

在此先感谢您的提示：）

解决方法

如果不提供--cluster-status脚本，snakemake在内部通过触摸提交的作业脚本中的一些隐藏文件来检查作业状态。当工作超时时，snakemake（在节点上）没有机会向主要的蛇形实例报告故障，因为qsub会杀死它。

您可以尝试使用cluster profile或只是获取合适的cluster status文件（请确保将其chmod修改为exe并让qsub报告可解析的作业ID）。