解析PDB文件以查找每个氨基酸的原子频率

问题描述

我正在尝试仅以ATOM开头的行来解析PDB文件。我希望我的输出看起来像：

amino acid  C     N     S     O
ARG         0.03  0.08  0.00  0.03
ASN         0.05  0.10  0.00  0.09
ASP         0.05  0.04  0.00  0.12
…etc
total:      531   142   9     156

到目前为止，我的代码给了我一个仅包含氨基酸和与之关联的原子的字符串。

import re
with open('3bmp.pdb') as pdb:
     for line in pdb:
          if line[:4] == 'ATOM':
               new = line.strip()
               for aa in new:
                    aa = new[17:21]
                    for atom in new:
                         atom = new[77]
pdb.close()

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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