如何加载丰度数据以在 R 中使用 decontam

问题描述

我是 decontam package in R 的新手，我很难弄清楚如何将我的数据作为 phyloseq 对象加载。

我有一个丰度矩阵示例（样本为行，类群为列）：

> dput(toy)
structure(list(V1 = structure(1:4,.Label = c("index","sample1","sample2","sample3"),class = "factor"),V2 = structure(c(4L,1L,2L,3L),.Label = c("1","3","5","taxa1"),V3 = structure(c(3L,2L),.Label = c("2","7","taxa2"
    ),V4 = structure(c(4L,.Label = c("0","1","2","taxa3"),V5 = structure(c(4L,3L,"taxa4"),class = "factor")),class = "data.frame",row.names = c(NA,-4L))

和我的阴性对照的鉴定（对于玩具：样品 1 是对照，样品 2 和样品 3 是实验性的）。我也有量子位值，但更喜欢使用负控制。

这里有人能指引我走向正确的方向吗？谢谢！

解决方法

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