问题描述
我正在尝试通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道,但是当我这样做时,它失败了,因为它无法创建 Conda 环境。
尽管环境设置不正确,但它似乎仍会尝试运行管道,因此会生成错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误信息:
Error executing process > 'my_process (1)'
Caused by:
Failed to create Conda environment
command: conda env create --prefix /my_file_path-6bf38a923b48a255f96ea3d66d372e6c --file /my_file_path/environment.yml
status : 143
message:
这是我的 environment.yml 文件:
name: pipeline_name
channels:
- bioconda
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- filtlong
- blast==2.5
- minimap2
- samtools
- pysam
- pandas
- matplotlib
- pysamstats
- seaborn
- medaka
- bedtools
- bedops
- seqtk
- bioawk
- sniffles
解决方法
不是这个问题的答案,但如果您遇到类似的失败并且不同的退出状态(120,而不是 143),请尝试此线程中的修复。在此转发:
文件中的 conda 环境无法使用 nextflow · 问题 #1081 · nextflow-io/nextflow:https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1081
pditommaso 于 2019 年 3 月 18 日发表评论
120 退出状态表示
已达到创建超时。尝试增加它,例如。
conda.createTimeout = '1 h'