通过 WSL 在 windows 中安装像 bowtie2 这样的生物信息学包

编程问答 2022-06-02

问题描述

我正在尝试在 python 中开发一个 GUI，用于分析可以在 Linux 和 Windows 中运行的 tRNA-Seq 数据。为此，需要运行一些程序，例如：bowtie2、samtools 或 bedtools，它们可以在 Linux 上通过 anaconda 轻松下载，但在 Windows 上则令人头疼。该程序无法在Windows上下载，所以我不得不安装Windows Subsystem for Linux (WSL)并尝试通过这种方式下载。

我为此开发了以下 python 脚本 (anaconda_setup.py)：

import os

#Download the file for Linux,altough this script will run only on Windows Subsystem for Linux
os.system('curl -O https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Checking the integrity of the file
os.system('sha256sum Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Running the .sh script
os.system('bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Compiling from source
os.system('source ~/.bashrc')
os.system('Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh')
#Using conda to install bowtie2,samtools and bedtools
os.system('conda install -c bioconda bowtie2')
os.system('conda install -c bioconda samtools')
os.system('conda install -c bioconda bedtools')

然后我在主脚本中使用以下代码来调用另一个脚本：

import os
...
os.system("wsl python3 anaconda_setup.py")

此 anaconda 已正确安装，但我不确定它是安装在 Windows 上还是 WSL 中。但我得到了下一个错误：

sh: 1: 来源：未找到 sh: 1: conda: 未找到 sh: 1: conda: 未找到 sh: 1: conda: 未找到

另一方面，我已经从 CMD 进入 WSL，我可以手动运行 conda.exe 和 conda，但我无法以自动方式运行。此外，从 CMD 我无法运行：“wsl conda”（错误：/bin/bash：conda：未找到命令）但我可以毫无问题地运行 wsl conda.exe。

知道我做错了什么或如何解决这个问题吗？

非常感谢。

解决方法

使用 anaconda 的 Linux 安装程序为 wsl2 安装 anaconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

检查conda命令是否运行，如果没有，必须将路径导出到.bashrc文件中

export PATH=/home/user/anaconda3/bin:$PATH

再次运行 conda，它现在可以工作了。您可以在 wsl2 中使用 conda 安装所需的软件。

希望能帮到你。有关更多信息，请访问此 post

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以下是您可以遵循的步骤。

  1. 您必须安装 Ubuntu 终端。如果不是从 Microsoft Store 下载。
  2. 安装 Ubuntu 后使用命令 sudo apt install wget 安装 wget
  3. 安装 miniconda，因为 miniconda 是 anaconda 的轻量级版本，可以节省大量空间。
  4. 下载 miniconda 安装程序。 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  5. 安装 miniconda bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  6. 导出路径 export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH
  7. 使用 bioconda 通道安装 bowtie2 conda install -c bioconda bowtie2
bioinformaticscmdcmdcondapythonwindows-subsystem-for-linux