不是由 writeCDF 写入的栅格的范围和 crs

问题描述

在 netCDF 文件中写入栅格时，我总是收到警告消息：“[rast] 未知范围”。实际上，范围没有写入外部文件。 crs也不是。

library(terra)
#terra version 1.0.2

r <- rast(ncol=2,nrow=2,vals=c(5.3,7.1,3,1.2))
crs(r)<-"epsg:27572"
ext(r)
#SpatExtent : -180,180,-90,90 (xmin,xmax,ymin,ymax)

t<-writeCDF(r,"test.ncdf",overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unkNown extent
 
ext(t)  # extension is not correct
#SpatExtent : 0,1,1 (xmin,ymax)

crs(t)  # crs is not correct
#[1] "GEOGCRS[\"unkNown\",\n    DATUM[\"World Geodetic System 1984\",\n     ...

也许这里使用了一种特殊的语法。我探索了 ?writeCDF 但找不到任何线索。预先感谢您的帮助。

解决方法

这指向 GDAL 的一个问题 --- 取决于您是否认为 .ncdf 是 netCDF 文件的常见文件扩展名。

library(terra)
#terra version 1.0.3
r <- rast(ncol=2,nrow=2,vals=c(5.3,7.1,3,1.2))

注意不同的文件扩展名，.nc、.cdf、.ncdf 或缺失。

# ok
x <- writeCDF(r,"test1.nc",overwrite=TRUE)
y <- writeCDF(r,"test2.cdf",overwrite=TRUE)

# not ok
z <- writeCDF(r,"test3.ncdf",overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unknown extent
a <- writeCDF(r,"test4",overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unknown extent

GDALinfo 显示：

describe("test1.nc")[1] 
#[1] "Driver: netCDF/Network Common Data Format"
describe("test3.ncdf")[1]
#[1] "Driver: HDF5Image/HDF5 Dataset"

看起来 GDAL 在扩展名是 .nc 或 .cdf 时首先尝试 netCDF 驱动程序，但是当它是 .ncdf 或丢失时它首先尝试 HDF5 驱动程序 --- 和因为这不会失败（警告来自 terra，而不是来自 GDAL），这就是它的用途。

这是 Windows 上的 GDAL 版本。

gdal()
#[1] "3.0.4"

我看到 GDAL 2.2.3 在 linux 上和 3.2.0 在 mac 上的行为相同。

您可以通过不使用 .ncdf 或在打开文件时指定驱动程序来解决此问题：

rast('NETCDF:"test3.ncdf"')
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 2,2,1  (nrow,ncol,nlyr)
#resolution  : 180,90  (x,y)
#extent      : -180,180,-90,90  (xmin,xmax,ymin,ymax)
#coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source      : NETCDF:test1.ncdf 
#varname     : test1 
#name        : test1

我认为 CRS 没有任何问题（它与 crs(r) 相同）。但是，我应该注意到 terra 将 proj4 和 wkt 字符串写入 ncdf 文件，并且在这方面不遵循 ncdf 标准。

（您问的是关于仅在 terra 的开发版本中可用的方法的问题。我非常感谢，但在这种情况下，在 terra github site 上提出问题会更合适。我会使 writeCDF 在文件扩展名不是 .nc 或 .cdf) 时发出警告

netcdf raster terra write