无法在 Jupyter 或 iPython 中使用 RDKit

问题描述

我想在 Jupyter 环境中使用 RDKit。但是，在我按照 this document 中概述的程序进行操作之后。

在完成包括为 jupyter 获取内核的过程之后，我尝试访问 RDKit 并使用它。

(rdkit-test) [user] ~ $ python
Python 3.7.9 (default,Aug 31 2020,07:22:35)
[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda,Inc. on darwin
Type "help","copyright","credits" or "license" for more @R_349_4045@ion.
>>> import sys
>>> sys.executable
'/Users/user/opt/anaconda3/envs/rdkit-test/bin/python'
>>> import rdkit
>>>
[6]+  Stopped                 python

从测试 anaconda 环境 rdkit-test 开始，我似乎可以访问 rdkit 并使用它进行测试。

现在，我尝试通过 iPython 访问它：

(rdkit-test) [user] ~ $ ipython
Python 3.8.7 (v3.8.7:6503f05dd5,Dec 21 2020,12:45:15)
Type 'copyright','credits' or 'license' for more @R_349_4045@ion
IPython 7.17.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: import sys

In [2]: sys.executable
Out[2]: '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8'

In [3]: import rdkit
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-6b72bd8913ab> in <module>
----> 1 import rdkit

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我似乎无法访问 rdkit。通过我的 sys.executable 命令，我还可以看到我不在写入环境中。

我在 Jupyter 笔记本中看到的同样问题：

如何解决此问题并在 Jupyter 或 iPython 中使用 RDKit？

解决方法

你应该使用 !pip install kora。然后，使用 import kora.install.rdkit。

jupyter-notebook python rdkit