问题描述
我在远程机器上工作(称为机器 A)。
我使用 sshfs
将数据从另一台机器(称为机器 B)映射到机器 A。
这很有效,当我 ls
时,我可以看到我尝试映射的文件。
ls -l
的输出:
total 1677028
-rw-r--r-- 1 82176 1399 410077660 Nov 30 2017 01_parents.vcf
-rw-r--r-- 1 82176 1399 60904545 Nov 30 2017 01_parents.vcf.gz
-rw-r--r-- 1 82176 1399 1457137 Feb 14 2018 01_parents.vcf.gz.tbi
lrwxrwxrwx 1 82176 1399 78 Apr 18 2018 01_ra.wes.db -> /groups/nshomron/tomr/projects/cffdna/simulations/realigned/fam01/01_ra.wes.db
-rw-r--r-- 1 82176 1399 0 Apr 19 2018 01_simple.db
-rw-r--r-- 1 82176 1399 28 May 12 2018 4qnames.vcf.gz
drwxr-xr-x 1 82176 1399 4096 Apr 23 2018 chr1:0-1000000
drwxr-xr-x 1 82176 1399 4096 Dec 25 2017 clinvar
-rw-r--r-- 1 82176 1399 174748672 Jun 11 2019 E01.db
lrwxrwxrwx 1 82176 1399 72 Nov 15 2017 E01.sorted.mdup.bam -> /groups/nshomron/tomr/tmp2/cffdna2/tr_data/fam01/E01/E01.sorted.mdup.bam
lrwxrwxrwx 1 82176 1399 76 Nov 15 2017 E01.sorted.mdup.bam.bai -> /groups/nshomron/tomr/tmp2/cffdna2/tr_data/fam01/E01/E01.sorted.mdup.bam.bai
...
当我尝试打开文件“E01.sorted.mdup.bam”(列表底部)时,出现 No Such File or Directory
错误。这不会发生在所有文件上,只是发生在几个文件上(所有文件都是 .bam
类型的大文件)。
使用 glob
,我发现 python 实际上并不知道它们存在。我使用了以下脚本:
for sub_path in p.glob('*'):
print(sub_path)
print(sub_path.exists())
这确实为大多数文件输出 True
,但不会为我想打开的文件(bam
文件)输出。
有人知道怎么解决吗? 如果需要更多信息,请告诉我。
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法,小编努力寻找整理中!
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