创建具有重叠顶点的子图 您可以查看CDLIB：特别是关于angel algorithm in CDLIB：

编程问答 2022-06-01

问题描述

我一直在寻找可以使用重叠顶点创建子图的包。 根据我在 Networkx 和 metis 中的理解，可以将图划分为两个或多个部分。但是我找不到如何划分具有重叠节点的子图。

关于支持重叠顶点分区的库的建议将非常有帮助。

编辑：我尝试了 CDLIB 中的 angel 算法将原始图划分为具有 4 个重叠节点的子图。

import networkx as nx
from cdlib import algorithms
   
if __name__ == '__main__':
 
    g = nx.karate_club_graph()

    coms = algorithms.angel(g,threshold=4,min_community_size=10)
    print(coms.method_name)
    print(coms.method_parameters)  # Clustering parameters)
    print(coms.communities)
    print(coms.overlap)
    print(coms.node_coverage)

输出：

ANGEL
{'threshold': 4,'min_community_size': 10}
[[14,15,18,20,22,23,27,29,30,31,32,8],[1,12,13,17,19,2,21,3,7,[14,33,8]]
True
0.6470588235294118

从返回的社区中，我知道 1 和 3 有 4 个节点的重叠，但 2 和 3 或 1 和 3 没有 4 个节点的重叠大小。 我不清楚如何指定重叠阈值（4 个重叠） 这里algorithms. angel(g,min_community_size=10)。我尝试在此处设置 threshold=4 来定义 4 个节点的重叠大小。但是，从 documentation available for angel

:param threshold：在[0,1]中合并阈值。

我不确定如何将 4 个重叠转换为必须在边界 [0,1] 之间设置的值。建议会很有帮助。

解决方法

您可以查看CDLIB：

他们有大量适用于 networkX 的社区查找算法，包括一些 overlapping communities algorithms。

特别是关于angel algorithm in CDLIB：

根据ANGEL: efficient,and effective,node-centric community discovery in static and dynamic networks，阈值不是重叠阈值，而是使用如下：

如果比率大于（或等于）给定阈值，则应用合并并更新节点标签。

  • 这个值基本上决定了是否将节点进一步合并成更大的社区，不等于重叠节点的数量。

  • 另外，不要将“标签”与“节点的标签”混淆（如nx.relabel_nodes(G,labels)）。引用的“标签”实际上与 Label Propagation Algorithm 使用的 ANGEL 相关。

至于改变这个阈值的影响：

[...] 提高阈值，我们获得了更多的社区，因为无法进行低质量的合并。

[基于@J 的评论。阿诺德先生]
从 ANGEL's github repository 您可以看到，当 threshold >= 1 仅使用 min_comsize 值时：

self.threshold = threshold

if self.threshold < 1:
    self.min_community_size = max([3,min_comsize,int(1. / (1 - self.threshold))])
else:
    self.min_community_size = min_comsize
graphgraphgraphmetisnetworkxpartitioning