Snakemake --use-singularity 等待下载图像

问题描述

我正在尝试在 docker 容器中运行一条蛇形命令。我使用命令 snakemake -j all --use-singularity --verbose，但它在 Pulling singularity image [image] 上挂断了。我在下面有一个蛇形文件示例

rule run_guppy:
    input:
        "../../data/fast5"
    output:
        "output"
    container: "docker://joshloecker/guppy:latest"
    params:
        config = "dna_r9.4.1_450bps_fast.cfg",callers = 1,threads_per_caller = 12
    shell:
        """
        echo Basecalling           

        guppy_basecaller \
        --config {params.config} \
        --input_path {input} \
        --save_path {output} \
        --num_callers {params.callers} \
        --cpu_threads_per_caller {params.threads_per_caller} \
        --recursive
    """

但正如我所说，这不会超过Pulling singularity image. . .。
我需要将我的 docker 镜像重新配置为奇异镜像吗？

解决方法

事实证明，我的文件系统从 docker 下载图像的速度非常慢。我没有从命令行看到任何进展，并认为出现了问题。