在分组的小提琴图上绘制单个点

问题描述

经过大量查找后，我似乎无法找到问题的确切答案，所以我想我会问。

我想使用 ggplot2 制作具有两个条件（“Control RNAi”和“mex-6 RNAi”）的时间课程的分组小提琴图。每个数据点都来自 3 个不同的重复（数据帧中的“蠕虫”因子），因此我拥有的数据帧格式如下（“mean_mex6”是绘制的 Y 值）：

mean_mex6	RNAi	时间	蠕虫
2.4102356	控制RNAi	2 小时	worm1
0.8332575	控制RNAi	2 小时	worm1
2.5093177	控制RNAi	2 小时	worm1
0.8792359	控制RNAi	2 小时	worm1
1.2570116	控制RNAi	2 小时	worm1
1.0671826	控制RNAi	2 小时	worm1

数据框中还有更多行，但我上面向您展示的数据只是来自“2hr”时间点的“Control RNAi”上的“worm1”的一些数据点。

我希望在小提琴图上绘制每个 RNAi 组中的所有单个点，但我希望绘制它们，以便每个“蠕虫”样本中的每个数据点与其他蠕虫的颜色不同。我已经能够创建一个分组的小提琴图，其中绘制了所有单独的点，但没有为每个单独的蠕虫样本进行颜色编码：

library(ggplot2)

ggplot(compiled_allhours,aes(x=Time,y=mean_mex6,colour=RNAi)) + 
  geom_violin(trim=FALSE) +
  scale_x_discrete(limits=c("2hr","4hr","6hr","8hr","24hr")) + ##This chooses which data to plot and orders them
  geom_quasirandom(aes(x=Time,colour = RNAi),dodge.width = 0.9,varwidth = TRUE) +
  ggtitle(expression(paste(italic("mex-6")," nuclear signal"," - WT"))) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + ##Centers the title of the plot
  xlab("Time") +
  ylab(expression(paste("normalized ",italic("mex-6")," nuclear signal (A.U.)")))

我包含了由此产生的情节的图像。[情节 1] https://i.stack.imgur.com/yvfYW.png

如果我尝试通过蠕虫为各个点着色，则会发生以下情况：

library(ggplot2)

ggplot(compiled_allhours,colour = Worm)," nuclear signal (A.U.)")))

[情节 2] https://i.stack.imgur.com/aVJwG.png

所以基本上，我想要第二个图，但是所有这些点都合并到了小提琴图中，如第一张图所示。感谢您的帮助！

解决方法

问题在于第二个图中的 geom_violin 和 geom_quasirandom 应用了不同的分组。因此，点和小提琴以不同的方式“躲避”并且彼此不对齐。

要获得所需的结果，您必须使用 group 美学，即使用 Time 和 RNAi 进行分组，例如interaction。

此外，我没有将 Worm 映射到颜色上，而是将其映射到 fill（对我来说更有意义，因为 Worm 和 RNai 是不同的变量）并使用填充点 (shape=21)不同的传说。但是您可以通过切换回 color 来改变它。

使用更真实的随机数据集，包括不同变量的“所有”选项，试试这个：

set.seed(42)
compiled_allhours <- data.frame(
  mean_mex6 = runif(200),RNAi = sample(c("Control RNAi","mex-6 RNAi"),200,replace = TRUE),Time = sample(c("2hr","4hr","6hr","8hr","24hr"),Worm = sample(c("worm1","worm2","worm3"),replace = TRUE)
)
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)

ggplot(compiled_allhours,aes(x=Time,y=mean_mex6,group=interaction(RNAi,Time))) + 
  geom_violin(aes(color = RNAi),trim=FALSE) +
  scale_x_discrete(limits=c("2hr","24hr")) + ##This chooses which data to plot and orders them
  geom_quasirandom(aes(x=Time,fill = Worm),shape = 21,color = "transparent",dodge.width = 0.9,varwidth = TRUE) +
  ggtitle(expression(paste(italic("mex-6")," nuclear signal"," - WT"))) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + ##Centers the title of the plot
  xlab("Time") +
  ylab(expression(paste("normalized ",italic("mex-6")," nuclear signal (A.U.)")))

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