R 只在 Linux 中的某个 CPU 上运行

问题描述

我有一台运行 R 4.0.2 的 8 核 RHEL Linux 机器。

如果我向 R 询问内核数量,我可以确认有 8 个可用。

> print(future::availableWorkers())

[1] "localhost" "localhost" "localhost" "localhost" "localhost" "localhost"
[7] "localhost" "localhost"

> print(parallel::detectCores())

[1] 8

但是,如果我运行这个简单的例子

f <- function(out=0) {
    for (i in 1:1e10) out <- out + 1
}

output <- parallel::mclapply(1:8,f,mc.cores = 8)

我的 top 表示只使用了 1 个核心(因此每个工作人员使用了该核心的 1/8,或整个机器的 1/64)。

%Cpu0  :100.0 us,0.0 sy,0.0 ni,0.0 id,0.0 wa,0.0 hi,0.0 si,0.0 st
%Cpu1  :  0.0 us,100.0 id,0.0 st
%Cpu2  :  0.0 us,0.0 st
%Cpu3  :  2.0 us,98.0 id,0.0 st
%Cpu4  :  0.0 us,0.0 st
%Cpu5  :  0.0 us,0.0 st
%Cpu6  :  0.0 us,0.0 st
%Cpu7  :  0.0 us,0.0 st
KiB Mem : 32684632 total,28211076 free,2409992 used,2063564 buff/cache
KiB Swap: 16449532 total,11475052 free,4974480 used. 29213180 avail Mem

  PID USER  PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
 3483 user  20   0  493716  57980    948 R  1.8  0.2   0:18.09 R
 3479 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R
 3480 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.08 R
 3481 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R
 3482 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R
 3484 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R
 3485 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R
 3486 user  20   0  493716  57980    948 R  1.5  0.2   0:18.09 R

有人知道这里会发生什么吗?另一个记录类似行为的 StackOverflow 问题是 here。很明显,我以某种方式搞砸了安装。我关注了 RHEL 7 的 these install instructions。我猜缺少一个依赖项,但我不知道去哪里找。如果有人对运行诊断等有任何想法,他们将不胜感激。

为了进一步了解,我的机器上还安装了 R 3.4.1,当我运行此代码时,一切正常。 (我通过 yum 安装了那个版本。)

我昨天还使用上面链接的相同说明安装了 R 4.0.3,但它遇到了同样的问题。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法,小编努力寻找整理中!

如果你已经找到好的解决方法,欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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