问题描述
我使用以下命令在分析 DNA 序列时提取两个字符串之间的文本：
grep -o -h -P '(?
这适用于与“CACAC”或“TGTGT”完全匹配的情况
然而，有时测序错误会产生错误，而不是“CACAC”，该行可能有“CAAAC”（或任何其他碱基错误、插入或删除 - CAAAC 只是可能错误的一个例子）
我尝试过使用 agrep、tre-agrep 进行模糊匹配，但一直无法安装 ugrep。
虽然 agrep 可以很好地处理单个字符串，但它似乎不支持提取两个字符串之间的序列，至少使用我用于 grep 的语法。
有什么建议吗？
提前致谢！ -Steff2j
解决方法
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