R gsummary Row with Categorical Variable Totals

问题描述

我有一个包含大约 700,000 名患者的数据集，其中有医院站点 ID（因子变量）。我想创建一行，其中医院的数量是可见的（这与患者的数量是分开的）。除了整个列之外，我还有 3 个分类变量作为我的列。

目前，每个医院 ID 都有一个单独的行，其中包含每个站点中每个类别的患者数量。

我的代码如下：

t1 <- PIR %>% 
  select(siteidn,countryname) %>% 
    tbl_summary(by = countryname,missing = "no",label = list(
                 siteidn = "Number of ICUs"),statistic = list(
              all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>%
  bold_labels() %>% 
  italicize_levels() %>% 
  add_overall()

t2 <- PIR %>% 
  select(siteidn,hospt) %>% 
    tbl_summary(by = hospt,all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

t3 <- PIR %>% 
  select(siteidn,iculevelname) %>% 
    tbl_summary(by = iculevelname,all_categorical() ~ "{n} ({p}%)")) %>% 
      bold_labels() %>% 
      italicize_levels()

tbl_merge(
  tbls = list(t1,t2,t3),tab_spanner = c("**Country**","**Hospital Type**","**ICU Level**"))

这会产生下表：

Table 1

可以看出，每个医院 ID 都有一个单独的行。我希望有一行，其中包含每一层医院数量的总数（即澳大利亚、新西兰、大都会等的医院总数）。

我的问题是：

有没有办法为不是患者编号的因子变量获取总计行？
合并表格后是否可以插入一个整体列（这样整体列不会出现在 Country 标题下）？
有没有办法为患者人数创建一行，而标题中没有这些详细信息？

感谢大家的时间。

本

ADDIT：这是我希望表格的外观图像。我为它的粗鲁道歉。我希望 ICU 总数的因子变量只有一行，而不是每个 ICU 都有一行，其中包含患者人数（红色墨水）。

此外，有没有办法将 2 行分组在一个类似于因子变量（绿色墨水）的公共标题下。

我很欣赏我的 R 技能很初级。感谢大家的耐心等待！

本

解决方法

我同意 Ben 的观点，包含一个我们可以在我们的机器上运行的数据集总是很好的，以及一个你想要的输出的例子。下面是一个代码示例，可以解决您的大部分问题。

有没有办法为不是患者编号的因子变量获取总计行？

我不确定您要在这里寻找什么。请提供更多详细信息。

合并表格后是否可以插入一个整体列（这样整体列不会出现在 Country 标题下）？

是的，您可以使用 modify_spanning_header() 函数删除“总体”列上方的标题。

有没有办法为患者人数创建一行，而标题中没有这些详细信息？

是的，如果您在数据集中创建一个对所有观察结果都为 TRUE 的新列，我们可以总结该列并报告 N。

此外，如果您只对单个变量进行交叉制表，则应查看 tbl_cross() 函数。它会自动添加总行数。

library(gtsummary)
library(tidyverse)
set.seed(20210108)

# create dummy dataset
PIR <- 
  tibble(
    siteidn = sample(c("1325","1324","1329"),100,replace = TRUE) %>% factor(),countryname = sample(c("NZ","Australia"),hospt = sample(c("Metro","Rural"),patient = TRUE
  ) %>%
  group_by(siteidn) %>%
  mutate(
    count_site = row_number() == 1L # one TRUE per site
  ) %>%
  ungroup() %>%
  labelled::set_variable_labels(siteidn = "Number of ICUs",# Assigning labels 
                                patient = "N")

t1 <- PIR %>% 
  select(patient,siteidn,countryname) %>% 
  tbl_summary(
    by = countryname,missing = "no",statistic = patient ~ "{n}" # only print N for the top row
  ) %>% 
  modify_header(stat_by = "**{level}**") %>% # Remove the Ns from the header row
  add_overall(col_label = "**Overall**")
t2 <- PIR %>% 
  select(patient,hospt) %>% 
  tbl_summary(
    by = hospt,statistic = patient ~ "{n}" # only print N for the top row
  ) %>%
  modify_header(stat_by = "**{level}**") # Remove the Ns from the header row

tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1,t2),tab_spanner = c("**Country**","**Hospital Type**")
  ) %>%
  bold_labels() %>% 
  italicize_levels() %>%
  # remove spanning header for overall column,use `show_header_names(tbl)` to print column names
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA) # remove footnote,as it's not informative in this setting

编辑：在从原始海报澄清之后，添加另一个如何呈现 Ns 的示例。

下表显示了两种显示患者 Ns 和站点数量的方法。第一行是两行，有两个变量，最后一行是信息可以在一行中呈现的方式。

t1 <- PIR %>% 
  select(patient,site_only = count_site,combination = count_site,statistic = list(c(patient,site_only) ~ "{n}",combination ~ "Site N {n}; Total N {N}")
  )

gtsummary r r summary