问题描述
我有一个工作流,它需要一个 slurm 集群具有不同资源需求(内存和时间)的令人尴尬的并行步骤。我按照文档装饰了工作流程:
rule freebayes:
...
resources:
mem = lambda wildcards,attempt: attempt * 6144,time = lambda wildcards,attempt: attempt * 12 * 60
...
这样就提交成功了,内存需求也正确请求了,但是time
需求设置为配置文件中的默认值。在日志中似乎没问题:
resources: mem=6144,time=720
我也尝试以字符串形式请求时间:
time = lambda wildcards,attempt: str(attempt * 12) + ":00:00"
也提交正常但仍设置为默认时间。
我做错了什么?
解决方法
我刚刚注意到我做错了什么。由于以下行,我的 cluster.json 覆盖了请求:
"__default__":
{
"time": "24:00",},
我删除了它,现在它可以正常工作了。