for 循环脚本仅在目录中的最后一个文件上完全执行

编程问答 2022-05-31

问题描述

我正在尝试在 ~300 个文件上使用 prokka 运行 for 循环。当我运行代码时，它会为每个包含 .log 文件的示例创建一个新文件夹 - 在这里一切正常。然而，当它开始运行下一段启动基因组注释的代码时，prokka 只在系列中的最后一个文件上运行。

我尝试了几乎所有我能想到的迭代，但我仍然遇到困难。如果有人能让我走上正确的道路，我将不胜感激！

cd /file/directory

for F in *.fasta;

do
     N=$(basename "$F" .fasta);
     prokka --locustag "$N" --outdir "$N" --prefix "$N" --compliant --Metagenome --coverage 90 "$F";
done

prokka 版本 1.14.5 并在 bash 脚本中工作

谢谢！

梅根

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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bashbioinformaticsfor-looppython