使用 ensembl 在 R 中一次下载多个 Fasta 文件

问题描述

我已经成功下载了特定人类基因的肽序列 fasta 文件，还有 500 个要下载……想知道是否有一种方法可以同时为多个基因执行此操作，而不是费心费力一次一个的耗时方法！

ensembl = useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)

seq <- getSequence(id = "your gene id",type = "your Id type",seqType = "cdna",mart = ensembl )

seqABCA5 <- getSequence(id="ABCA5",type = "hgnc_symbol",seqType = "peptide",mart = ensembl )

exportFASTA(seqABCA5,file = "ABCA5.fasta")

我在 excel 文件的一列中有一个 hgnc_symbol 格式的基因名称列表。

同时拥有所有这些基因的 bed 文件也很好。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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