如何将图从 Cytoscape 导入 R？

编程问答 2022-05-30

问题描述

我在 cytoscape 中生成了一个网络模型，并想使用 R 对其进行一些分析。但是，我不确定如何将我的图形从 cytoscape 导入 R 中的可分析形式。我尝试将其读入 R作为 SIF 文件和 XGGML 文件，但到目前为止都没有工作。我发现的所有函数要么导致错误，要么已经过时。

有谁知道我如何将 cytoscape 图形读入 R 中？

非常感谢！

解决方法

如 G5W 的评论中所述，RCy3 是解决方案。你可以通过R这种方式在Cytoscape中导入、修改和导出图形。如下类似的代码块应该可以工作：

require(RCy3)
cytoscapePing()
cytoscapeVersionInfo()
openSession("Your cytoscape session file")#
Sys.sleep(1)
setCurrentView("The cytoscape view you are working on")
nodetab=getTableColumns(table="node")

  1. 您需要在运行此块时打开 Cytoscape，添加 Sys.sleep(1) 可能会解决您的一些错误。

  2. 您可以更改为 table="edge" 以加载边缘表。

cytoscapegraph-theoryrr