如何使用 varscan 三重奏调用者管理 samtools mileup？

问题描述

我已经看到如下使用 varscan 管道 samtools

samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp

但是如何为 varscan trio 管道以下管道

#Generate a three-sample mpileup
samtools mpileup -B -q 1 \
     -f ref.fasta \
     dad.bam mom.bam child.bam > trio.mpileup

#Run VarScan trio
varscan trio \
     trio.mpileup \ #this is input
     trio.mpileup.output \ #this is output
     --min-coverage 10 --min-var-freq 0.20 --p-value 0.05 \ 
     -adj-var-freq 0.05 -adj-p-value 0.15

解决方法

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bash samtools