为什么我们必须在 Google Colab 中为 Rdkit 附加路径

编程问答 2022-05-30

问题描述

!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

在这段代码中为什么要在安装rdkit后追加路径？

即 sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

解决方法

启动 Python 解释器后，将创建导入时用于搜索模块的所有目录的列表。您可以从变量 sys.path 访问它。如果您在 colab 中运行它，您可以看到 Python 在哪里搜索模块。

import sys
sys.path

>>> ['','/env/python','/usr/lib/python36.zip','/usr/lib/python3.6','/usr/lib/python3.6/lib-dynload','/usr/local/lib/python3.6/dist-packages','/usr/lib/python3/dist-packages','/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/IPython/extensions','/root/.ipython']

问题是 conda 会将软件包安装到 sys.path 中未包含的目录（'/usr/local/lib/python{pyversion}/site-packages/'），因此 Python 将无法定位软件包由 conda 安装。这很容易解决，只需将路径附加到 sys.path。现在 Python 知道在哪里查找包，在本例中为 RDKit。请注意，我们可以通过查看 rdkit 的安装位置来验证是否是这种情况：

sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

import rdkit
rdkit.__file__

>>> /usr/local/lib/python3.7/site-packages/rdkit/__init__.py

还要注意 sys.path 中的目录是按顺序在第一次找到模块时停止搜索的。因此，当通过 colab 已经提供的 conda 安装包时，colab 版本将优先。

,

您可以使用此代码。在 Colab 中安装 rdkit 会快很多。

!curl -L bit.ly/rdkit-colab | tar xz -C /
google-colaboratoryinstallationpythonrdkit