问题描述
我的输入数据是一个 VCF(变体调用格式)文件。我感兴趣的每一行看起来像这样:
chrI 22232 DEL00bed N <DEL> . PASS SUPP=1159;SUPP_VEC=11111111111111111111111011111111111
我想计算 n 个样本支持的特定位置 (22232) 中特定删除的存在 (1)。出于这个原因,我查看了 SUPP_VEC=
值,但是,我不知道如何将每个值拆分为 1) 它是一个字符串,并且 2) 没有分隔符。如何在每个字符之间添加空格?或者我如何从 SUPP_VEC=
为 python3 拆分/计算值?
我也很想知道 SUPP
是什么意思。我找到了一个SUPP=2
,如果 SUPP_VEC
中的存在 (1)\abscence(0) 计算 SUPP
的值,我在 Excel 上查看,但是,我只能计算 1 而不是2,可能有人知道SUPP
是什么意思。
我希望我说清楚了。 提前致谢。
解决方法
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