问题描述
我正在使用 MrBayes 构建系统发育树，并想知道如何将同一物种的多个序列指定为“外群”。我只能选择一个序列作为外群，这就形成了一棵奇怪的树。 谢谢。
解决方法
如果允许 MrBayes 自由推断树的拓扑结构，您不能保证您认为来自外群的物种会被分组在一起。我想这就是为什么选择几个物种作为外群并没有真正意义的原因。
但是，可以强制执行拓扑约束：请参阅此处的手册第 4.4 节：https://raw.githubusercontent.com/NBISweden/MrBayes/develop/doc/manual/Manual_MrBayes_v3.2.pdf
您可以尝试强制您假定的内群形成一个进化枝。假设你的外群物种是 O1、O2 和 O3，你的内群物种是 I1、I2、I3、I4 和 I5，你可以尝试这样的事情：
constraint ingroup = I1 I2 I3 I4 I5;
prset topologypr=constraints(ingroup);
在大多数配置下，MrBayes 生成无根树，这些树仅出于显示目的在外群上“有根”。除非您的模型指定了根的位置并赋予该点重要性，否则在外部软件中绘制时，在所选多叶外群上重新根植树是有效的。在 R 中，您可以使用
TreeTools::RootTree(tree,c('tip1','tip2'))