从果蝇基因符号到人类基因符号的 ID 转换

编程问答 2022-05-29

问题描述

我正在寻找 R 解决方案（或通用逻辑解决方案）来将黑腹果蝇基因 id 转换为智人基因 id。由于 biomart 数据集的不断变化的性质，以及它对互联网连接和服务器状态的依赖，使用 R/biomart 是有问题的。

基因 ID 是 Fl​​yBase 格式，但我也有人类友好的基因符号，例如

FBgn0259938 cwo
FBgn0036285 toe
FBgn0264490 Eip93F
FBgn0034903 sona

有什么想法吗？谢谢！

解决方法

我认为您可以使用 FlyBase orthologs 表，该表会定期更新，并且每个直向同源物也有 DIOPT 分数：ftp://ftp.flybase.net/releases/current/precomputed_files/orthologs/dmel_human_orthologs_disease_fb_2020_06.tsv.gz

bioinformaticsrr