在 Shiny 中从上传的 Seurat 对象中提取元数据以进行选择输入选择

编程问答 2022-05-29

问题描述

我正在尝试创建一个 Shiny 应用程序，它允许我比较来自 Seurat 对象的簇，并输出差异表达基因的列表。到目前为止，我已经尝试过：

#here's the UI portion I need help with:

          
      selectInput(inputId = "clusters",label = "Choose cluster 1: ",choices = NULL)

#here's the server function

server <- function(input,output,session) {
  
#this is to load in the datasets reactively; i.e,they are not loaded until you select them
  
datasetInput <- reactive({
    if (input$dataset_selec == "NK AD Dataset") {
      dataset <- get(load("~/Desktop/Shiny App/Seuratapp/data/nk_integrated_object.Rdata"))
    }
    else if (input$dataset_selec == "APPPS1 Dataset") {
      dataset <- get(load("~/Desktop/ShinyApp/Seuratapp/data/appps1_lymphocytes_object.Rdata"))
    }
    else if (input$dataset_selec == "T Cell Infiltration Dataset") { 
      dataset <- get(load("~/Desktop/Shiny App/Seuratapp/data/tcell_infiltration.Rdata"))
    }
    return(dataset)
  })

#this is to transform the loaded dataset into something I can use as labels
  dataset <- datasetInput

  updateSelectInput(session,inputId = "Metadata_split",label = "Choose category to split by: ",choices = colnames(dataset@Metadata))

这行不通，我敢肯定有多种原因，但坦率地说，我什至无法理解从哪里开始解决这个问题。谁能帮帮我？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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